Stan jednolitych części wód rzek i jezior ocenia się jako dobry lub zły, analizując wyniki klasyfikacji ich stanu lub potencjału ekologicznego (na podstawie wyników badań wskaźników jakości wód wchodzących w skład elementów fizyko-chemicznych, biologicznych i hydromorfologicznych) oraz, jeżeli takie badania były planowane i zrealizowane, wyniki klasyfikacji stanu chemicznego (na podstawie wartości granicznych chemicznych wskaźników jakości wód). O ocenie końcowej decyduje najgorszy wskaźnik. Sklasyfikowanie jednolitej części wód do umiarkowanego lub gorszego stanu/potencjału ekologicznego, bądź do złego stanu chemicznego, wskazuje na zły stan wód, informujący, że w ocenianym okresie jednolita część wód nie spełniała wymagań określonych w przypisanych jej celach środowiskowych. W przypadku, gdy w wyniku oceny uzyskany został co najmniej dobry stan/potencjał ekologiczny, a nie została wykonana ocena stanu chemicznego lub wskazany został dobry stan chemiczny, a nie było możliwości określenia stanu/potencjału ekologicznego, nie można określić końcowej oceny stanu jednolitych części wód. Ocena monitorowanych jednolitych części wód rzek i jezior została uzupełniona o ekspercką ocenę stanu/potencjału ekologicznego pozostałych wód. W przyjętej metodzie, gdy brak było danych umożliwiających precyzyjne określenie stanu/potencjału ekologicznego, dopuszczono przypisanie oceny jako „co najmniej dobry” lub „poniżej dobrego”, co posłużyło określeniu stanu ogólnego tych wód. W związku z cyklicznym planowaniem i programowaniem w gospodarce wodnej w Polsce, dane dotyczące jakości wód powierzchniowych odnoszą się do cyklu obejmującego lata 2010-2015 w odniesieniu do jezior i rzek (jeziora badane w 9 województwach , a rzeki w całym kraju).